거문도는 아름드리 나무가 빽빽하여 섬이 한낮에도 어둡다는 뜻으로 고유어 "검은"을 거문(巨文)으로 차자(借字)했다는 설과 1885년 거문도 사건 때 청나라의 정여창이 섬주민들과 말이 통하지 않아 필담(筆談)을 나누다가 그 문장에 놀라 거문(巨文)이라고 부르기 시작했다는 설이 있다.
거문도라고 불리기 전에는 3개의 섬으로 이루어졌다고 하여 '삼도(三島)'라고도 불렸다. 영국인들은 거문도 사건 당시 이 섬에 포트해밀턴(영어: Port Hamilton)이란 이름을 붙였다.
면적은 12 km2이다. 부속섬으로 삼부도와 백도를 거느리고 있다. 고도와 서도, 동도는 바다를 가운데 두고 병풍처럼 둘러쳐져 있는데, 그 가운데에는 약 5 km2의 수심이 깊은 바다가 호수처럼 형성돼 있어 큰 배가 드나들 수 있는 천혜의 항만을 이룬다.
거문도 불탄봉 일출